自成为议员的七年之后，正逢美国总统大选，由于深得林肯信任，约翰逊因此在大选中就任副总统，他也正式从民主党离开，成为共和党的一员。约翰逊加入共和党是极为偶然的，1864年美国大选时，那时大多数南方阵营的人都不受北方军队的欢迎。但约翰逊极为特殊，它是参议院中为总统信任并且也受参议院中北方势力欢迎的唯一的一个南方人。